1995年8月8日。最新鋭の超巨大ヘリ《ビッグB》が、突然動き出し、小学生の高彦を乗せたまま、福井県にある原子力発電所「新陽」の真上に静止した！
遠隔操作によるハイジャックという驚愕の手口を使った犯人は〈天空の蜂〉と名乗り、”日本全土の原発破棄”を要求。従わなければ、大量の爆発物を搭載したヘリを原子炉に墜落させると宣言する。機内の子供の父親でありビッグBを開発したヘリ設計士・湯原（江口洋介）と、原発の設計士・三島（本木雅弘）は、上空に取り残された高彦の救出と、日本消滅の危機を止めるべく奔走するが、政府は原発破棄を回避しようとする。
一方、事件現場付近で捜査にあたる刑事たちは、《ビッグB》を奪った謎の男・雑賀（綾野剛）の行方を追跡。聞き込みを続けるうちに、衝撃の真相へと辿り着いていく―