杉原千畝は、英語、ロシア語、ドイツ語、フランス語など数カ国語を操るインテリジェンス・オフィサー（諜報外交官）として、様々な国に滞在。身の危険を冒しながら、混沌とする世界情勢の情報を収集し、日本に発信し続けていた。そのため、当時のソ連から警戒され【ペルソナ・ノン・グラータ（好ましからざる人物）】に指定された日本初の外交官でもあった。

1939年、リトアニア・カウナス。外務省は、混迷を極めるヨーロッパ情勢を知る上で最適の地、リトアニアに領事館を開設し、その責任者となることを千畝に命じた。そこで千畝は新たな相棒ペシュと一大諜報網を構築し、ヨーロッパ情勢を分析して日本に発信し続けていた。やがて第二次世界大戦が勃発すると、多くのユダヤ難民が日本領事館へヴィザを求めてやって来た。難民たちの数は日に日に増していく。日本政府からの了承が取れないまま、千畝は自らの危険を顧みず、独断で難民たちに日本通過ヴィザを発給することを決断する――

第二次世界大戦中、日本の外交官としてリトアニアに赴任。ナチスの迫害から逃れてきたユダヤ難民に対して、日本政府の命令に背いて日本通過のヴィザを発給。約6000人もの命を救ったと言われている。
同じく多くのユダヤ人を救い、94年の第66回アカデミー賞で作品賞、監督賞などを受賞した『シンドラーのリスト』（スティーヴン・スピルバーグ監督）で世界的に知られるドイツ人実業家、オスカー・シンドラーになぞらえて“日本のシンドラー”とも呼ばれる。